سوم آذر 1302 دستور دستگیری فرخی‌یزدی مدیر روزنامه توفان به دلیل چاپ مقاله‌ای علیه رضاخان، صادر شد، اما او توانست فرار کند و به سفارت روسیه برود.
سوم آذر 1302 دستور دستگیری فرخی‌یزدی مدیر روزنامه توفان به دلیل چاپ مقاله‌ای علیه رضاخان، صادر شد، اما او توانست فرار کند و به سفارت روسیه برود. به محض توقیف نشریه توفان، فرخی مطالب خود را در روزنامه‌های دیگر مانند ستاره شرق، قیام، پیکار و… منتشر می‌کرد. فرخی در دوران سلطنت رضاشاه، در سال ۱۳۰۷ به عنوان نماینده مجلس شورای ملی در دوره هفتم قانونگذاری از طرف مردم یزد انتخاب شد. او در دوران نمایندگی مجلس همراه با محمودرضا طلوع نماینده رشت در جناح اقلیت بود و با مخالفت‌های شدید جناح مقابل روبه‌رو شد زیرا از اقلیت دیگر کسی را در مجلس باقی نگذاشته بودند. فرخی در مجلس با زبان و انتقادات تند و تیزش علیه نمایندگان و مداحان وقت، دشمنان بسیاری برای خود فراهم کرد، زیرا تمام وکلاء طرفدار دولت بودند. او خود درباره نمایندگان مجلس رضاخانی می‌گوید: «…البته بر اثر فریادهای اعتراض ما گاهی چرت نمایندگان محترم پاره می‌شد، سر بلند می‌کردند، فحش و ناسزا می‌گفتند و دوباره به خواب خرگوشی فرو می‌رفتند. هر وقت هم نخست‌وزیر یا وزیر صحبت می‌کرد، کارشان این بود که بگویند صحیح است قربان. در اثر تمرین در این کار چنان استاد شده بودند که حتی در حال چرت زدن هم می‌توانستند وظیفه خود را انجام دهند و بگویند صحیح است قربان! بدون اینکه چرتشان پاره شود. بله در همان حالت چرت، سرنوشت یک ملت را تعیین می‌کردند…» در پایان مجلس هفتم پس از آنکه مصونیت پارلمانی فرخی خاتمه یافت، از بیم جان خود مدتی از نظر‌ها ناپدید شد. سپس بدون گذرنامه از مرزهای شمالی به شوروی و از آنجا به آلمان رفت و در برلین اقامت کرد. مدتی در نشریه‌ای به نام «پیکار» افکار خود را منتشر کرد. سال ۱۳۱۱ یا ۱۳۱۲ تیمورتاش سفری به برلین کرد و در آنجا دیداری با فرخی داشت. در این ملاقات تیمورتاش وی را تشویق به بازگشت به ایران کرد و به او اطمینان داد در صورت بازگشت به ایران مورد رافت و مهر رضاشاه قرار خواهد گرفت. فرخی که از ماندن در کشوری بیگانه رضایتی نداشت، با عشقی که به ایران داشت فریب وعده حکومت وقت را خورد و به تهران بازگشت. در ایران عده‌ای به اسم «طلبکار مالی» شکایتی علیه او طرح کردند و وی را با برنامه‌ریزی قبلی به زندان کشاندند. در سال ۱۳۱۶ او را محاکمه و ابتدا به ۲۷ ماه زندان محکوم کردند. در دادگاه تجدیدنظر مدت زندان وی به سه سال افزایش یافت. او دوران حبس خود را می‌گذراند تا اینکه در ۲۵ مهرماه ۱۳۱۸ بنا به گزارش رسمی زندان بر اثر مرض مالاریا در بیمارستان زندان درگذشت. محل دفن فرخی‌یزدی هیچگاه معلوم نشد اما برخی مسگرآباد تهران را مدفن وی می‌دانند. چهار سال بعد از مرگ فرخی، در پی سقوط رضاشاه وقتی پزشک احمدی، پزشک زندان قصر را در دادگاه جنایی تهران به جرم «قتل‌های عمد در عصر رضاشاه» به اعدام محکوم کردند، از جمله جرایم اعلام شده‌اش قتل فرخی‌یزدی بود. در دادگاه گفته شد فرخی‌یزدی با تزریق آمپول هوا توسط پزشک احمدی در زندان به قتل رسید.